Gaëlle LetortRendre l'IA utilisable par les biologistes

Ingénieure de recherche au laboratoire Biologie du développement et cellules souches1, Gaëlle Letort développe des outils de modélisation et d’analyse d’images fondés sur l’intelligence artificielle. Elle œuvre à rendre ces technologies accessibles aux biologistes non spécialistes. Un travail récompensé par la médaille de cristal du CNRS.

Formée aux mathématiques appliquées et à l’informatique, Gaëlle Letort hésite longtemps entre carrière de chercheuse et métier d’ingénieure de recherche. Finalement, c’est la dimension technique qui l’emporte. « Dès qu’on me pose un problème, j’adore chercher à le résoudre », explique-t-elle. Une logique qu’elle applique aujourd’hui à des dizaines de projets de biologie, dans lesquels elle intervient à différentes étapes : tester une piste, automatiser une analyse, lever un verrou technique ou développer un outil entièrement nouveau.

Le profil de Gaëlle Letort est une chance rare dans un laboratoire de biologie où l’intelligence artificielle bouleverse l’analyse d’images biologiques depuis quelques années. Des tâches autrefois longues et complexes deviennent automatisables. Mais cette révolution crée aussi un fossé croissant entre les développeurs d’algorithmes et les biologistes qui les utilisent au quotidien. « Tout a explosé tellement vite qu’il faut maintenant structurer les choses pour que ce soit réellement utilisable et adapté », résume-t-elle.

« Le domaine de l’analyse d’images est encore loin d’atteindre la parité. J’aimerais que cela évolue davantage. »

Elle développe donc des logiciels de modélisation et d’analyse d’images conçus pour être accessibles, documentés et appropriables par des non experts. Son outil deXtrusion automatise par exemple la détection d’événements cellulaires dans des tissus en développement. Il réduit ainsi un travail d’annotation manuelle de plusieurs heures à environ une heure par film. Avec EpiCure, elle s’attaque à un autre problème : les erreurs générées par les algorithmes d’analyse d’images produits par des tiers. « Même avec seulement 5 % d’erreurs, cela peut représenter des milliers de corrections à faire à la main et donc une importante perte de temps associée à l’automatisation », souligne-t-elle.

Au-delà du développement logiciel, Gaëlle Letort défend une utilisation réfléchie de l’IA. Elle forme chercheurs et doctorants, contribue à plusieurs écoles internationales et diffuse ses outils en open source. Pour elle, ces méthodes ne doivent pas devenir obscures pour leurs utilisateurs. « Il faut aussi se demander quand cela vaut vraiment le coup d’utiliser ces gros algorithmes », insiste-t-elle en rappelant leur coût de calcul et leur impact environnemental.

« Mon rôle est de transformer des outils complexes en quelque chose que les biologistes peuvent réellement utiliser de manière autonome. »

Derrière ces lignes de code se joue une transformation plus large de la recherche biomédicale qui ne saurait se faire proprement sans experts en la matière. « Sans un travail de démocratisation comme le notre, il faudrait quasiment un expert en IA pour chaque projet », estime-t-elle. Un travail de démocratisation devenu essentiel dans des laboratoires où l’intelligence artificielle s’est imposée comme incontournable.

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  ¹ Unité CNRS / Institut Pasteur