Massimiliano BonomiChargé de recherche
Je travaille dans le domaine de la biologie structurale, une discipline scientifique dédiée à la compréhension de la structure tridimensionnelle et des mouvements des protéines. La détermination de leurs propriétés structurales et dynamiques est cruciale pour comprendre comment elles remplissent leur fonction au sein des cellules vivantes et afin de d'identifier de nouvelles approches efficaces pour moduler leur activité. Pour atteindre cet objectif, j'intègre des approches informatiques et expérimentales.
Le parcours de Massimilion Bonomi en 5 dates
- 2010 : Obtention d'un PhD en chimie (ETH Zurich)
- 2010-2013: Postdoc à l'Université de Californie San Fransisco (USA)
- 2013-2018: Postdoc à l'Université de Cambridge (UK)
- Octobre 2018 : Entré au CNRS en tant que chargé de recherche de classe normale
- Janvier 2023 : Obtention d'une bourse ERC Consolidator
bAles - Inférence intégrative de la structure et de la dynamique des protéines augmentée par IA
L'époque est passionnante pour la communauté des sciences de la vie. Ces deux dernières années, l'intelligence artificielle (IA) a fait progresser notre compréhension du comportement des protéines avec la prédiction de la structure avec une précision comparable à de nombreuses techniques expérimentales. Cependant, la structure n'est qu'une pièce du puzzle. Pour comprendre les mécanismes sous-jacents aux fonctions biologiques, nous devons caractériser le paysage conformationnel des protéines, les populations d'états impliquées ainsi que les voies d'interconversion. Aucun de ces objectifs ne peut être atteint par les méthodes de prédiction de structure de l'IA seules. Dans ce projet, je vais développer, appliquer et diffuser une approche de modélisation, appelée bAIes, qui permettra d'atteindre ces objectifs. bAIes combinera de manière synergique des modèles d'IA structurales, des données expérimentales et des simulations moléculaires pilotées selon des modèles physico-chimiques précis afin de caractériser la structure et la dynamique des protéines. Dans ce projet, nous montrerons comment bAIes peut résoudre des problèmes biologiques qui dépassent les capacités des seules approches d'IA, telles que la caractérisation des régions désordonnées des protéines et la détermination de la structure et de la dynamique in situ. Ce projet délivrera une méthode polyvalente, précise et efficace qui repoussera les limites de ce qui peut être réalisé avec les méthodes de prédiction de structure de l'IA.